About OOPSE OOPSE News Features Download CVS Mailing Lists Documentation Authors Funding Results	Bibliography 1 B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, and M. Karplus, J. Comp. Chem., 4, 187-217 (1983). 2 A. D. MacKerell, Jr., B. Brooks, C. L. Brooks III, L. Nilsson, B. Roux, Y. Won, and M. Karplus In The Encyclopedia of Computational Chemistry, P. v. R. Schleyer, et al., Ed., Vol. 1; John Wiley & Sons, New York, 1998; pages 271-277. 3 D. A. Pearlman, D. A. Case, J. W. Caldwell, W. S. Ross, T. E. Cheatham III, S. DeBolt, D. Ferguson, G. Seibel, and P. Kollman, Comp. Phys. Comm., 91, 1-41 (1995). 4 H. J. C. Berendsen, D. van der Spoel, and R. van Drunen, Comp. Phys. Comm., 91, 43-56 (1995). 5 E. Lindahl, B. Hess, and D. van der Spoel, J. Mol. Modelling, 7, 306-317 (2001). 6 W. Smith and T. Forester, J. Mol. Graphics, 14(3), 136-141 (1996). 7 J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comp. Chem., 8(7), 1016-1024 (1987). 8 S. J. Plimpton and B. A. Hendrickson In J. Broughton, P. Bristowe, and J. Newsam, Eds., Materials Theory and Modelling, Vol. 291 of MRS Proceedings, page 37, Pittsburgh, PA, 1993. Materials Research Society. 9 L. Kalé, R. Skeel, M. Bhandarkar, R. Brunner, A. Gursoy, N. Krawetz, J. Phillips, A. Shinozaki, K. Varadarajan, and K. Schulten, J. Comp. Phys., 151, 283-312 (1999). 10 F. Mohamadi, N. G. J. Richards, W. C. Guida, R. Liskamp, M. Lipton, C. Caufield, G. Chang, T. Hendrickson, and W. C. Still, J. Comp. Chem., 11, 440 (1990). 11 H. Goldstein, C. Poole, and J. Safko, Classical Mechanics, Addison Wesley, San Francisco, 3rd ed., 2001. 12 M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulations of Liquids, Oxford University Press, New York, 1987. 13 D. J. Evans, Mol. Phys., 34, 317-325 (1977). 14 A. Leach, Molecular Modeling: Principles and Applications, Pearson Educated Limited, Harlow, England, 2nd ed., 2001. 15 G. Cevc and D. Marsh, Phospholipid Bilayers, John Wiley & Sons, New York, 1987. 16 C. J. Fennell and J. D. Gezelter, J. Chem. Phys., 120(19), 9175-9184 (2004). 17 Y. Liu and T. Ichiye, J. Phys. Chem., 100, 2723-2730 (1996). 18 M. Martin and J. I. Siepmann, J. Phys. Chem. B, 102, 2569-2577 (1998). 19 D. Bratko, L. Blum, and A. Luzar, J. Chem. Phys., 83(12), 6367-6370 (1985). 20 L. Blum, F. Vericat, and D. Bratko, J. Chem. Phys., 102(3), 1461-1462 (1995). 21 Y. Liu and T. Ichiye, Chem. Phys. Lett., 256, 334-340 (1996). 22 A. Chandra and T. Ichiye, J. Chem. Phys., 111(6), 2701-2709 (1999). 23 M.-L. Tan, J. T. Fischer, A. Chandra, B. R. Brooks, and T. Ichiye, Chem. Phys. Lett., 376, 646-652 (2003). 24 G. Hura, J. M. Sorenson, R. M. Glaeser, and T. Head-Gordon, J. Chem. Phys., 113, 9140-9148 (2000). 25 S. J. Marrink, E. Lindahl, O. Edholm, and A. E. Mark, J. Am. Chem. Soc., 123, 8638-8639 (2001). 26 H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, and J. Hermans In Intermolecular Forces, B. Pullman, Ed.; Reidel, Dordrecht, 1981; page 331. 27 H. J. C. Berendsen, J. R. Grigera, and T. P. Straatsma, J. Phys. Chem., 91, 6269-6271 (1987). 28 W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, and M. L. Klein, J. Chem. Phys., 79, 926-935 (1983). 29 M. W. Mahoney and W. L. Jorgensen, J. Chem. Phys., 112(20), 8910-8922 (2000). 30 M. W. Finnis and J. E. Sinclair, Phil. Mag. A, 50, 45-55 (1984). 31 F. Ercolessi, M. Parrinello, and E. Tosatti, Phil. Mag. A, 58, 213-226 (1988). 32 A. P. Sutton and J. Chen, Phil. Mag. Lett., 61, 139-146 (1990). 33 Y. Qi, T. Çagin, Y. Kimura, and W. A. Goddard III, Phys. Rev. B, 59(5), 3527-3533 (1999). 34 U. Tartaglino, E. Tosatti, D. Passerone, and F. Ercolessi, Phys. Rev. B, 65, 241406 (2002). 35 M. S. Daw and M. I. Baskes, Phys. Rev. B, 29(12), 6443-6453 (1984). 36 S. M. Foiles, M. I. Baskes, and M. S. Daw, Phys. Rev. B, 33(12), 7983 (1986). 37 R. A. Johnson, Phys. Rev. B, 39(17), 12554 (1989). 38 J. Lu and J. A. Szpunar, Phil. Mag. A, 75, 1057-1066 (1997). 39 A. Voter, Intermetallic Compounds: Principles and Practice, 1, 77 (1995). 40 M. S. Daw, Phys. Rev. B, 39, 7441-7452 (1989). 41 A. Voter and S. Chen, Mat. Res. Soc. Symp. Proc., 82, 175 (1987). 42 A. Dullweber, B. Leimkuhler, and R. McLachlan, J. Chem. Phys., 107(15), 5840-5851 (1997). 43 D. Frenkel and B. Smit, Understanding Molecular Simulation : From Algorithms to Applications, Academic Press, New York, 1996. 44 A. Kol, B. B. Laird, and B. J. Leimkuhler, J. Chem. Phys., 107(7), 2580-2588 (1997). 45 W. G. Hoover, Phys. Rev. A, 31, 1695 (1985). 46 S. Melchionna, G. Ciccotti, and B. L. Holian, Mol. Phys., 78, 533-544 (1993). 47 H. C. Andersen, J. Comp. Phys., 52, 24-34 (1983). 48 J. P. Ryckaert, G. Ciccotti, and H. J. C. Berendsen, J. Comp. Phys., 23, 327-341 (1977). 49 B. Roux and M. Karplus, J. Phys. Chem., 95(15), 4856-4868 (1991). 50 S. J. Marrink and H. J. C. Berendsen, J. Phys. Chem., 98(15), 4155-4168 (1994). 51 H. Grubmuller, B. Heymann, and P. Tavan, Science, 271, 997-999 (1996). 52 R. Fletcher and C. M. Reeves, Comput. J., 7(2), 149-154 (1964). 53 E. Polak and G. Ribiere, Rev. Fr. Inform. Rech. Oper., 16-R1, 35-43 (1969). 54 G. C. Fox, M. A. Johnson, G. A. Lyzenga, S. W. Otto, J. K. Salmon, and D. W. Walker, Solving Promblems on Concurrent Processors, Vol. I, Prentice-Hall, Englewood Cliffs, NJ, 1988. 55 S. Plimpton, J. Comp. Phys., 117, 1-19 (1995). 56 B. Hendrickson and S. Plimpton, Journal of Parallel and Distributed Computing, 27, 15-25 (1995).
	Copyright © 2006 - University of Notre Dame
	Updated on January 16, 2006